La segunda parte del Manual trata de las características de los túneles respecto a sus exigencias operativas y de seguridad.
Empieza por el Capítulo Geometría, sobre las características geométricas y su influencia en la explotación y en la seguridad.
El Capítulo Obras específicas necesarias para la explotación y seguridad trata de las obras de ingeniería civil ligadas a la explotación y a la seguridad, que deben ser tenidas en cuenta desde los primeros momentos del proyecto, cuya influencia, sobre todo a nivel presupuestario, no debe ser subestimada.
El Capítulo Equipos y sistemas analiza todos los equipamientos y las recomendaciones precisas para la integridad de su vida útil.
Por último, el Capítulo Comportamiento del túnel frente al fuego trata del comportamiento al fuego tanto en cuanto a la reacción de los materiales como en cuanto a la resistencia de las estructuras y al funcionamiento de los equipamientos en situación de incendio.